群体遗传三剑客第三篇：megacc和ggtree进化树分析
大家好，我是邓飞。
之前计划写群体结构三剑客的博文，写了两篇了：
搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树
群体遗传三剑客第一篇：分组和不分组的PCA分析，添加解释百分比
群体遗传三剑客第二篇：Admixture群体结构分析
今天介绍一下进化树分析最常用的软件：MEGA和ggtree。注意，MEGA这里用的是Linux版本的命令行megacc，ggtree是R包，主要用于可视化。
软件介绍：
MEGACC 是 MEGA 的命令行版本，能在无图形界面的环境里进行进化分析，软件地址：/
ggtree是Y叔开发的R包，主要用于进化树结果的可视化，软件地址：.html
plink格式的数据进化树分析步骤：
1，计算亲缘关系距离矩阵
plink --file aa --allow-extra-chr --chr-set 60 --distance 1-ibs square flat-missing --genome --out IBSdis
2，整理结果
将id结果和亲缘关系结果分别整理为megacc支持的格式：
id名称格式：
亲缘关系矩阵格式：
3，将上面的两个文件整理为megacc支持的格式
上面是ID信息，下面是半三角的关系矩阵：
4，使用megacc计算进化树，得到nwk文件
megacc -a infer_NJ_distances.mao -d ibs_dismatrix.meg -o mega_IBSout
5，使用ggtree绘制进化树
代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制library(ggtree)
tree = read.tree("mega_IBSout.nwk")
# 正常的图
tiff("tree1_plot.tiff",width = 12, height = 8, units = "in",compression = "lzw",res=300)
ggtree(tree, ladderize = FALSE, branch.length = "none") + geom_tiplab2(size=.1) + theme(legend.position = "right")
dev.off()
# 圆圈图
tiff("tree2_plot.tiff",width = 12, height = 8, units = "in",compression = "lzw",res=300)
ggtree(tree, layout="fan", ladderize = FALSE, branch.length = "none") + geom_tiplab2(size=.3) + theme(legend.position = "right")
dev.off()
结果：
也可以添加分组信息：
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